En 1990, à l'université Browns dans le Rhode Island, un groupe de jeunes femmes est surnommé par les médias locaux les Magic Markers Terrorists, puisqu'elles écrivent et tiennent à jour sur le mur d'une toilette pour femmes du campus une liste d'hommes ayant des comportements sexuels répréhensibles.

Au marqueur permanent s'inspire de cette affaire en la décalant dans un Québec autofictionnel des années 90. On y suit le destin de cinq personnages qui participent à un type de soulèvement semblable : de leur rencontre l'une avec l'autre, aux réprimandes de l'école, au combat pour que la liste reste active, jusqu'à la dissolution du groupe quelques mois plus tard.