Délaissant la mythologie gréco-latine, Racine se tourne vers l'empire ottoman et ses luttes fratricides pour le pouvoir. Dans l'atmosphère feutrée et angoissante du sérail, le vizir Acomat tisse sa toile et tente de renverser, avec l'aide de Roxane, le sultan Amurat au profit de son cadet Bajazet.
Mais il ignore que Bajazet est depuis l'enfance lié à Atalide et que cet amour secret, que découvre petit à petit la sultane les conduira tous à la mort.