Son charisme, son énergie, son esprit pionnier l'ont rendu très populaire, lui qui repousse sans cesse les limites de ses instruments : la cornemuse galicienne –la gaita– et les flûtes.
A l'âge de huit ans, Carlos a choisi d'apprendre les secrets de la musique traditionnelle et de la gaita auprès des anciens maîtres. A douze ans, il a été invité à jouer en soliste, avec l'Orchestre Symphonique de Lorient, une composition de l'irlandais Shaun Davey. Ses brillantes études de flûte à bec au Conservatoire de Madrid lui ont valu la mention "cum laude" et le Prix Exceptionnel de Fin d'Etudes.

Son premier enregistrement a eu lieu en 1989 : c'était avec les Chieftains pour la bande originale du film L'Ile au Trésor, avec Charlton Heston et Oliver Reed. Carlos Núñez est alors devenu le septième Chieftain ; avec eux, il a gagné un Grammy Award et a joué au Carnegie Hall de New York et au Royal Albert Hall de Londres aux côtés d'artistes comme Bob Dylan, Joni Mitchell, Sinead O ìConnor, The Who, Lou Reed, Spin Doctors, EddieVedder (Pearl Jam), Bon Jovi, Alice Cooper, INXS...